企业中的涉密文件是不能外泄的重要文件，一旦被泄露，公司整个运营体系都将受到牵连。涉密文件的安全问题受到知识库管理系统的格外注意，它在提升文档管理安全性的同时，还为管理员提供设置权限的功能。加密存储是涉密文件的管理方式，而对涉密文件的集中处理可以减少工作量，提高工作效率。
再机密的文件，除了安全地存储起来，也要做好被重新使用的准备。这些涉密文件关乎企业发展命脉，属于企业的秘密武器。它的使用权在管理人员手里，有的时候他还会授权让负责人去调取使用。知识库管理系统可以有效保护文档的安全，同时保证不会被未开权限的用户打开使用。知识库管理系统支持文本在线编辑、随时共享以及用户授权、文本检索等功能。对涉密文件也采取这些管理方式，这是在管理涉密文件的时候，系统会增加安全性。用户可以自行设置文本未不可下载、不可借阅。这些涉密文件并不会出现在无关用户的界面上，这个系统相当于个人资源管理账户，里面的信息只有自己能查询，除非为其他人开设下级账户，任何人都不能获取内部的信息。
用户在打开涉密文件的时候，知识库管理系统终端会予以保护，用户可以设置将其存储在安全硬盘中。除非获得权限，否则该文件不会被复制、拖拽、修改以及传输。在分享该文件的时候，系统也会以保密的方式进行处理，时刻在保护涉密文件的安全。可以采取多人管理的方式处理涉密文件。具体方式是在管理员账号中开设多人账号，他们具有独立操作性，同时受管理员的制衡。下级用户不能越级处理文档，而管理员具有监督下级用户操作的权力。为防止这些文件丢失，用户也可以设置备份，将文件存储在不同类目中。涉密文件将以附件的形式传输到系统中被保存起来。系统中还可以查询每个用户的操作记录，遇到文档消失或者被篡改的情况，查一下历史记录就一目了然。
