企业运转过程中会不断产生文件，要为这些文件设置访问权限，防止文件丢失或被窃取。利用合同管理系统可以对文件进行权限管理，防止信息被非法访问，防止公司机密信息外泄。
合同管理系统拥有非常丰富的权限管理体系，不同的合同文件采用不同管理方式。各部门各司其职，可以根据所配置的权限快速找到想要的文件。因为前期合理设置权限，所以各用户合同管理系统的界面都相对整洁，这里出现的文件几乎都有利用价值。在责任明确的前提下，可以做到准确定位合同文件以及管理、使用文件。对于管理员用户来说，需要做的工作有：为文件授权、为用户授权、设置用户类型或者文件类型。为文件授权的工作可以在合同文件传输的过程中操作，也可以将文件传到系统中再去编辑。这里可以对文件夹进行设置，也可以操作文件夹下某个文件。设置好权限后，有的文件只允许预览，有的可以借阅，有的则可以下载编辑。
为用户授权是基于已经建立好文件夹，或者已经将各功能栏目设置好的前提下才进行的工作。合同管理系统可以设置某个用户的权限，也可以设置某个部门或者小组的权限。如果新增加用户，就要单独处理。为小组或者部门授权的好处是可以一步到位，迅速完成权限管理，弊端是有的新员工，操作上还有些困难，难免出现操作错误的情况。另外一个工作是设置用户类型或者文件类型。这个工作是指可以通过菜单管理这个按钮，对菜单的名称或者下级功能菜单进行编辑，这里可以设置权限标识，以便于后期为用户和文件设置权限。这里有一些权限可能会用到：编辑权限、上传下载文件权限、预览权限、没有权限。有的时候需要取消一些用户的权限，比如像合同这样重要的文件，只有管理层人员或者销售人员会经常用到，那么将为除他们以外的人员去除权限。为避免新员工误操作删除文件，一般会将这些用户编辑文件的权限去掉。
